Programatorul suedez Markus Persson a creat inițial "Minecraft" ca proiect de week-end în mai 2009 folosind instrumente simple de codificare. A construit pe această bază pe un ciclu de dezvoltare de 30 de luni. Persson a angajat alți programatori și a creat studioul de jocuri Mojang pentru a asista la procesul de creare, după ce cuvântul de gura copleșit de pozitiv a făcut versiunile de dezvoltare ale jocului un hit runaway.
Persson, care este de asemenea cunoscut de către managerul său de internet Notch, a fost inspirat să creeze "Minecraft", după ce a experimentat jocul în devenire și adânc al unui program numit "Cetatea Dwarf". Realizând faptul că "Cetatea Dwarf" a reprezentat o caracteristică primitivă, ASCII, Persson a decis să creeze un joc asemănător, mai vizibil și mai interesant pentru lumea deschisă, care să se învârtă în jurul unei alegeri aparent nelimitate. Acest gen de joc a devenit de atunci cunoscut ca un joc cu nisip datorită modului în care jucătorii sunt practic trimiși într-o lume mică pentru a construi ceea ce își pot imagina.
Persson a încărcat versiunile inițiale ale "Minecraft" pentru a descărca forumuri de design pentru jocuri. Pe parcursul a câteva luni, el a continuat să adauge caracteristici la program și a început să perceapă o taxă nominală pentru a descărca ceea ce el a numit o versiune alfa a titlului. Pe masura ce a devenit din ce in ce mai popular, Persson a angajat programatori si personal pentru a continua dezvoltarea "Minecraft".
Persson și Mojang au continuat dezvoltarea "Minecraft" în următorii doi ani într-o etapă beta plătită îndelungată, în timpul căreia titlul a vândut 4 milioane de exemplare. În timpul iernii 2011, Mojang a anunțat că "Minecraft" a fost complet și în afara versiunii beta, dar studioul a continuat să adauge caracteristici și iterații ale modurilor de joc existente, chiar și după lansarea unei versiuni finale. Versiunile "Minecraft" au fost de asemenea portate pe console, tablete și smartphone-uri, lărgind baza jucătorilor.