Râurile principale din Madagascar includ râurile Betsiboka, Tsiribihina, Mangoky și Onilahy, toate începând în zonele muntoase din est și curg spre vest spre Canalul Mozambic. Multe dintre aceste râuri curg prin văi fertile și furnizează o mare parte din irigarea insulei pentru culturi. Cel mai lung râu din Madagascar este Betsiboka, care curge la est de Antananarivo, capitala și cel mai mare oraș.
Râul Betsiboka se inundă regulat în portul Mahajanga de pe coasta de nord a Madgascarului. Datorită unui secol de despăduriri extinse și ploi abundente la începutul anilor 2000, estuarul Betsiboka a suferit o eroziune masivă. Lut roșu a fost transportat de la munți și dealuri până la coasta cu ploi tropicale. Eroziunea sa intensificat atunci când Cyclone Tropical Gafilo a lovit Madagascarul în 2004. Vasele care mergeau pe mare au fost odată capabile să călătorească până la Betsiboka, dar cantități masive de silice acum restricționează navele imense de a călători în amonte.
râurile vestice ale Madagascarului se desfășoară mai încet și se întindea printre mai multe văi ale râurilor. Râurile de coastă de est se deplasează rapid din ținuturi în Oceanul Indian. Mai multe râuri din est prezintă cascade care se varsă în Oceanul Indian. Râuri mari, cum ar fi Betsiboka, Ikopa și Mangoky, scurg mai multe sute de mii de kilometri pătrați de bazin. Aceste bazine sunt responsabile pentru culturile majore, plantele de mangrove și pădurile tropicale.
