În total, Japonia are 6.852 de insule. Cu toate acestea, această definiție include numai insulele care au o circumferință de 100 de metri sau mai mare; o definiție mai puțin restrictivă ar conduce la un număr mult mai mare, în timp ce o măsură mai restrictivă ar conduce la un număr mai mic. Doar 430 de insule japoneze sunt locuite.
Majoritatea oamenilor din Japonia trăiesc pe patru insule: Hokkaido, Honshu, Shikoku și Kyushu. Dintre acestea, Honshu este cel mai mare și mai populat cu o marjă largă; este, de asemenea, a șaptea cea mai mare insulă din lume, cu o lungime totală de 810 mile. Una dintre cele mai mici insule din Japonia, Aogashima, a avut o populație de numai 205 de persoane în 2009, inclusiv 25 de studenți.