Deși a existat o ocupație japoneză a Republicii Filipine între 1942 și 1945, care a fost respinsă de filipinezi, de la sfârșitul celui de-al doilea război mondial, Japonia a fost un partener comercial vital care a ajutat la stimularea economiei filipineze . Japonia a oferit, de asemenea, sprijin în anul 1980 noului guvern filipinez. Recent, Japonia a oferit, de asemenea, ajutor mult mai necesar Filipinelor pentru refacerea după Typhoon Haiyan.
Japonezii au invadat Filipine pe 8 decembrie 1941 ca pe o mișcare strategică împotriva Statelor Unite. Această invazie a început mai puțin de o zi după atacul japonez pe Pearl Harbor și, în cele din urmă, japonezii au stabilit o puternică prezență militară în Filipine. În timp ce japonezii au promis independența insulelor după război, majoritatea resortisanților filipinezi au respins ocupația și mulți au luptat activ împotriva japonezilor. În cele din urmă, japonezii s-au predat și au pierdut controlul asupra Filipinelor în 1945.
De la sfârșitul războiului și ocupația japoneză, relațiile dintre filipineză și japoneză au devenit mai puternice. Japonezii au servit drept partener comercial esențial pentru a ajuta la reconstruirea și stimularea economiei filipineze, iar japonezii au ajutat la reconstruirea guvernului filipinez în anii 1980. Japonia continuă să ofere ajutor umanitar și economic Filipinei, în special în perioada de restaurare după Typhoon Haiyan.