Alternative la sistemele septice tradiționale de origine includ filtre de nisip recirculare, toalete de compost, sisteme septice de transpirație evaporată și sisteme aerobe. Indiferent dacă aceste sau alte metode alternative costă mai puțin decât sistemele tradiționale, depinde de numeroși factori, cum ar fi dimensiunea casei, reglementările locale și tarifele percepute de contractorii locali.
Metodele alternative de tratare a deșeurilor pot fi similare cu sistemele septice tradiționale, cum ar fi sistemele de apă gri sau metodele care distrug deșeurile, cum ar fi incinerarea toaletelor. Metodele suplimentare includ sistemele de lagune și înălțimea patului.
Sistemele septice aerobice tratează apa uzată cu substanțe chimice dezinfectante, permițând deversarea apei în apele subterane fără utilizarea unui rezervor septic.
În anumite zone, reglementările interzic anumite tipuri de sisteme septice, adesea datorită nivelurilor de masă a apelor sau altor criterii de utilizare a terenului.