În timp ce unitățile de stilouri pot fi o modalitate ușoară de a transfera fișiere între computere, acestea pot fi, de asemenea, un vector pentru infecțiile malware. Orice computer cu oprire automată activat poate executa automat fișiere infectate pe un drive pen , declanșând o infecție. Dispozitivele de pen, de asemenea, au o durată relativ scurtă de viață în comparație cu alte forme de medii, deoarece fiecare celulă din memoria flash poate accepta doar un set de rescrieri.
Unitățile cu pen-uri pot fi, de asemenea, limitate de hardware-ul PC-ului. Viteza la care fișierele pot fi citite sau scrise depinde de versiunea USB instalată în orice PC dat. USB 2.0 poate transfera în jur de 60 megaocteți pe secundă, ceea ce poate face transferarea fișierelor mari o sarcină plictisitoare. USB 3.0, pe de altă parte, poate atinge viteze de până la 640 megaocteți pe secundă. Cu toate acestea, foarte puține unități de pen sunt capabile să atingă această limită maximă de viteză, forțând utilizatorilor să acorde o atenție deosebită specificațiilor pentru a obține cea mai rapidă unitate de scripete posibilă.
Unitățile de pen sunt, de asemenea, predispuse la defecțiuni hardware. Interiorul unei unități de stilou este adesea pur și simplu o placă de circuit lipită la mufa USB și, de vreme ce aceste dispozitive se deplasează din lateral sau din fața calculatorului, ele tind să fie lovite sau lovite foarte ușor. Punctul de joncțiune este cel mai slab loc și un punct de nefuncționare, ceea ce ușurează ruperea conexiunii USB și transformarea unității în inutil.
