Principalul conflict în numărătoarea stelelor este că naziștii ocupă Danemarca să captureze și să trimită evrei în lagărele de concentrare. Mai exact, apare un conflict pentru personajele principale când familia Yohansen își riscă viața prin luând o tânără fată evreiască, Ellen Rosen, ca să o protejeze de naziști.
Există două puncte climatice în romanul care evidențiază conflictul principal din "Numărătoarea stelelor". Primul eveniment apare când soldații caută casa lui Yohansen în căutarea lui Ellen și a familiei sale. După ce soldații naziști devin suspicioși față de Ellen, domnul Yohansen se preface că este fiica lui, salvându-și viața.
În cea de-a doua scenă climatică, Annemarie - fiica lui Yohansen - este oprită de soldații naziști în drumul ei de a livra un pachet unui om care îi ajută pe evrei să scape în Suedia. După ce a împiedicat soldații să descopere conținutul pachetului, Annemarie evită să fie reținut.În plus față de aceste evenimente, conflictele secundare apar din ocupația nazistă și din efectele profunde ale celui de-al doilea război mondial. De exemplu, mai multe personaje își pierd locul de muncă, casele și chiar și familiile lor în timp ce încearcă să scape de a fi capturate și trimise la taberele de internare sau ajutându-i pe evrei să scape din Danemarca. La nivel personal, Ellen se luptă cu conflictul de a fi curajos în timp ce se confruntă cu amenințarea de a nu-și mai vedea familia din nou.
