Cel mai lung râu din Germania este Rinul, care curge pentru 537 de mile în interiorul țării. Deși majoritatea surselor academice și a materialelor de referință enumeră lungimea totală a Rinului ca 820 de mile, se extinde aproximativ 765 de mile de la cele două surse către delta fluviului, potrivit unui biolog de la Universitatea din Köln, care a descoperit eroarea în 2010.
Cel de-al doilea cel mai lung râu din Germania este Elba, care circulă la 435 de mile, urmată de Dunăre, care curge pentru 402 de mile. Alte râuri importante din țară includ Ems, Isr, Lech, Moselle, Oder, Weser și Spree.