Microbii variază în răspunsul lor la dezinfectanți, deoarece aceste substanțe chimice atacă ținte specifice în celulă pe care un microb poate să nu le aibă. În plus, anumite bacterii au enzime care sunt capabile să elimine toxinele din interiorul membranelor lor, făcându-le rezistente la dezinfectanți și antibiotice.
Alcoolul se crede că atacă membranele celulare și denaturează proteinele celulare, potrivit Bibliotecii Naționale de Medicină din S.U.A. Acest lucru cauzează probleme cu metabolismul, iar celula se lisează în mod normal imediat după expunere. Această metodă funcționează bine cu bacteriile, care au membrane expuse, dar are un efect reversibil asupra sporilor. Alcoolul izopropilic este mai potrivit pentru atacul bacteriilor, datorită proprietăților sale lipofile, în timp ce alcoolul etilic este mai eficient împotriva virușilor hidrofilici. Aldehidele sunt eficiente împotriva aproape tuturor microbilor, deoarece aceste substanțe chimice se atașează la pereții celulari și la membrana și inhibă sistemele enzimatice.Clorhexidina este eficientă în uciderea majorității bacteriilor, dar este ineficientă împotriva sporilor și a virușilor. Acest lucru se datorează mecanismului chimic: atacă straturile lipidice ale membranei celulare, care nu este ușor expusă în viruși sau spori. Eficacitatea unui dezinfectant depinde, de asemenea, de prezența pompelor de eflux într-un microb. Chiar dacă dezinfectantul vizează în mod eficient o slăbiciune a unui microb dat, la concentrații scăzute suficient, un microb poate fi capabil să pompeze toxina din celulă și să supraviețuiască. Expunerea constantă la niveluri scăzute ale unui dezinfectant are ca rezultat tulpini rezistente.
