Istoricii nu au consens asupra momentului când oamenii au descoperit pentru prima dată Marele Barieră de Corali. Conform înregistrărilor istorice, totuși, aborigenii au descoperit probabil Marea Recif de Bariere cu aproximativ 40.000 de ani în urmă. Aboriginii s-au stabilit în acele timpuri pe terenurile Australiei moderne. Ei au pescuit în apele înconjurătoare și au navigat prin canalele înșelătoare din strâmtoarea Torres din apropiere. În acel moment, cu toate acestea, Great Barrier Reef părea foarte diferit. A acoperit suprafețe mari de teren uscat în formă de câmpie de coastă.
Istoricii înțeleg mai multe despre Marea Barieră de Corali din cauza introducerii europenilor pe continentul australian. Marinarii și exploratorii au raportat că navele lovesc terenuri sub apă, necesitând reparații costisitoare și consumatoare de timp. Prin încercări și erori, europenii au descoperit în cele din urmă rute de navigare sigure prin și în jurul Marelui Barrier Reef. Marele Barrier Reef a revendicat viețile pe mai mult de 30 de nave de-a lungul anilor și rămâne o zonă centrală de pescuit.