Râurile principale din Filipine sunt râul Cagayan, Rio Grande de Mindanao și râul Agusan. Țara are un număr total de 421 de râuri, dar oamenii de știință consideră 50 dintre ei biologic moarte.
Cel mai lung râu din Filipine este râul Cagayan. Are o lungime de 314 mile și se află pe insula Luzon, care se află în partea de nord a țării. Râul Cagayan este predispus la inundații, în special în timpul ploilor grele. Râul Cagayan curge de la Munții Caraballo până la Canalul Babuyan. Al doilea mare râu este Rio Grande de Mindanao, care este situat în partea de sud a Filipinelor de pe insula Mindanao. Locuitorii folosesc râul pentru transportul bunurilor agricole, precum și a lemnului. Rio Grande de Mindanao începe la Munții Impasug-ong și se termină în Golful Moro. În est se află râul Agusan, care începe în valea Compostela și se varsă în Golful Bhutan. Acesta este al treilea cel mai mare fluviu din Filipine. Multe turbă și sago se găsesc în și lângă acest râu și găzduiește rațe migratoare, care locuiesc și în lacurile adiacente. Agusan este predispus la inundații în perioadele de ploi abundente.
