Principalul dezavantaj al scanării optice a recunoașterii de caractere este potențialul de a introduce erori într-un document scanat. Niciun sistem de scanare OCR nu este infailibil și documentele de proastă calitate pot crea erori suficiente pentru a solicita o lungă durată, consumatoare de corecții. Scenografia scrisă și fonturile non-latine sunt deosebit de dificil de scanat corect.
Scanerele optice pot avea probleme și cu documente care nu au un contrast semnificativ între caractere și fundal. Paginile murdare sau cele imprimate pe materiale colorate pot confunda un scaner și pot duce la blocuri mari de text necitit. Pașii suplimentari necesari pentru a face ca originalele de calitate slabă să fie potrivite pentru scanarea OCR pot ajunge la o compensare totală a economiilor de timp potențiale pe care le oferă tehnologia.
Cea mai bună modalitate de a asigura scanarea OCR este cât mai exactă și mai rapidă posibilă este să proiectați documentul original pentru scanarea optică. De exemplu, multe pachete OCR au dificultăți în diferențierea caracterelor similare, cum ar fi numărul zero și litera O. Fonturile prietenoase cu OCR fac aceste două caractere să pară cât mai diferite posibil pentru a ajuta computerul să citească documentul.
Documentele scrise de mână necesită spațiu clar între litere, pentru a asigura o scanare adecvată. De aceea, formele care utilizează tehnologia OCR necesită de multe ori ca utilizatorii să imprime cu majuscule într-o serie de cutii. Fiecare casetă separată poate fi scanată individual, împiedicând computerul să interpreteze greșit scrisorile care au rulat împreună.
