Aplicațiile gratuite de pe Amazon Appstore pot fi descărcate în siguranță, atâta timp cât sunt descărcate direct din magazin. Aceste aplicații trec printr-un proces de examinare similar cu cel din Google Play.
Deși aplicațiile din Amazon Appstore sunt sigure, procesul de instalare introduce vulnerabilități de securitate utilizatorilor Android. Pentru a instala aplicații, utilizatorii trebuie să modifice setările de securitate ale dispozitivului Android pentru a instala aplicații din surse necunoscute, proces cunoscut sub numele de încărcare laterală. Odată setat, dispozitivul Android permite unui utilizator să instaleze o aplicație, indiferent de sursa acesteia, nu doar din aplicația Amazon Appstore. Nu există nicio funcție Android actuală care să permită numai aplicații de pe o anumită piață.
Majoritatea malware-urilor provin de la site-uri terțe, deși pot fi trimise și ca atașamente în e-mail-uri. De obicei, un dispozitiv Android apără utilizatorul refuzând să instaleze orice aplicație care nu a provenit din Google Play. Cu toate acestea, această funcție este dezactivată în procesul de instalare a aplicațiilor din Amazon Appstore, creând o vulnerabilitate de securitate. Există mii de aplicații malware Android aflate în circulație, iar majoritatea provin de la site-uri terțe.
Pentru a evita această problemă, utilizatorii ar trebui să reactiveze caracteristica de securitate și să nu permită instalări din surse necunoscute de îndată ce aplicația de pe Amazon Appstore este instalată. Acest lucru protejează dispozitivul atunci când nu încărcați aplicațiile intenționate.